Το ανώτατο όργανο διοίκησης της ΔΕΠΟΔΑΘ ΑΕ είναι Γενική συνέλευση των μετόχων της.
Μέτοχοι της εταιρείας είναι πλέον οι τέσσερις Καλλικρατικοί Δήμοι με τα παρακάτω ποσοστά
| Α/Α | ΔΗΜΟΙ-ΜΕΤΟΧΟΙ | % |
| 1 | Θήβας | 48,44 |
| 2 | Τανάγρας | 29,29 |
| 3 | Αλιάρτου | 17,02 |
| 4 | Ορχομενού | 5,25 |
| 100,00 |
Η εταιρεία διοικείται από 11μελές Διοικητικό συμβούλιο στο οποίο εκπροσωπούνται όλοι οι Δήμοι -μέλη της.
- Νικολάου Σπυρίδων, Πρόεδρος Δήμαρχος Θηβαίων
- Γεωργίου Ευάγγελος, Αντιπρόεδρος, Δήμαρχος Τανάγρας.
- Ντασιώτης Γεώργιος, Μέλος, Δήμαρχος Αλιάρτου
- Πελώνης Χρήστος, Μέλος, Αντιδήμαρχος Δήμου Αλιάρτου
- Παναγιωτίδης Κλεάνθης, Μέλος, Αντιδήμαρχος Δ. Ενότητας Δερβενοχωρίων
- Βαγενάς Δημήτριος, Μέλος, Αντιδήμαρχος Δήμου Ορχομενού
- Φίλος Γεώργιος, Μέλος, Δημοτικός Σύμβουλος Δήμου Θηβαίων
- Χαλβατζής Σταμάτης, Μέλος, Δημοτικός Σύμβουλος Δήμου Θηβαίων
- Στρατέλος Νικόλαος, Μέλος, Δημοτικός Σύμβουλος Δήμου Θηβαίων
- Βουγέσης Γεώργιος, Μέλος, Δημοτικός Σύμβουλος Δήμου Τανάγρας
- Τσοκανής Χαράλαμπος, Διευθύνων σύμβουλος, Εκπρόσωπος Δήμου Τανάγρας
Γενικός διευθυντής της εταιρείας είναι ο κος Τσοκανής Χαράλαμπος, Οικονομολόγος.